使用RNA-seq進行基因組支架放置，校正裝配和遺傳圖譜創(chuàng)建 

　　蕪菁(Brassica rapa)是農(nóng)業(yè)，生態(tài)，進化和轉(zhuǎn)化研究的模式物種。

　　這里的研究人員來自加州大學戴維斯分校描述了從田間收集的RNA-seq數(shù)據(jù)衍生的蕓苔屬rapa重組近交系(RIL)群體的高密度SNP發(fā)現(xiàn)和遺傳圖譜構建。這種高密度基因型數(shù)據(jù)能夠檢測和糾正推定的基因組錯誤組裝，并將支架序列準確分配到它們可能的基因組位置。

　　這些組裝改進代表注釋的蕓苔屬rapa基因組的7.1-8.0%。他們展示了如何使用這種新資源導致QTL分析顯著改善目前的低密度遺傳圖譜。通過增加的繪圖分辨率和通過已知的基因組坐標錨定用于候選基因發(fā)現(xiàn)的標記來實現(xiàn)改進。

　　復合群體基因型圖譜與十條染色體中每條染色體的物理位置相對應。每個RIL表示為顯示從IMB211(橙色)或R500(藍色)遺傳的基因組區(qū)域的單行。小的雜合區(qū)域用黑色表示。