使用RNA-seq進(jìn)行基因組支架放置，校正裝配和遺傳圖譜創(chuàng)建 

　　蕪菁(Brassica rapa)是農(nóng)業(yè)，生態(tài)，進(jìn)化和轉(zhuǎn)化研究的模式物種。

　　這里的研究人員來自加州大學(xué)戴維斯分校描述了從田間收集的RNA-seq數(shù)據(jù)衍生的蕓苔屬rapa重組近交系(RIL)群體的高密度SNP發(fā)現(xiàn)和遺傳圖譜構(gòu)建。這種高密度基因型數(shù)據(jù)能夠檢測和糾正推定的基因組錯(cuò)誤組裝，并將支架序列準(zhǔn)確分配到它們可能的基因組位置。

　　這些組裝改進(jìn)代表注釋的蕓苔屬rapa基因組的7.1-8.0%。他們展示了如何使用這種新資源導(dǎo)致QTL分析顯著改善目前的低密度遺傳圖譜。通過增加的繪圖分辨率和通過已知的基因組坐標(biāo)錨定用于候選基因發(fā)現(xiàn)的標(biāo)記來實(shí)現(xiàn)改進(jìn)。

　　復(fù)合群體基因型圖譜與十條染色體中每條染色體的物理位置相對應(yīng)。每個(gè)RIL表示為顯示從IMB211(橙色)或R500(藍(lán)色)遺傳的基因組區(qū)域的單行。小的雜合區(qū)域用黑色表示。