以往的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜分析大多是停留在組織或器官的層面。近日,兩個(gè)研究小組利用Drop-seq技術(shù)來繪制整個(gè)復(fù)雜動(dòng)物的細(xì)胞圖譜,并建立細(xì)胞譜系。這兩項(xiàng)研究的對象都是地中海渦蟲(Schmidtea mediterranea),成果發(fā)表在《Science》雜志上。
在第一項(xiàng)實(shí)驗(yàn)研究中,懷特黑德生物醫(yī)學(xué)研究所和麻省理工學(xué)院的研究人員報(bào)告稱,他們基本上能夠確定地中海渦蟲的每種細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組。他們測序了50,000多個(gè)單細(xì)胞,并確定了至少44個(gè)不同的細(xì)胞群,以及150多個(gè)亞群。
“這就像動(dòng)物的基因組一樣,我們認(rèn)為這種類似于地圖的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集可以作為一種資源,不僅可推動(dòng)真渦蟲的研究,還可以推動(dòng)其他兩側(cè)對稱動(dòng)物的研究,”他們寫道。
在第二項(xiàng)實(shí)驗(yàn)研究中,德國Max Delbrück分子醫(yī)學(xué)中心的研究人員也繪制了地中海渦蟲的細(xì)胞類型圖譜以及譜系樹。他們測序了20,000多個(gè)單細(xì)胞,鑒定出至少51個(gè)細(xì)胞群和23個(gè)獨(dú)立的細(xì)胞譜系。
“我們的研究結(jié)果證明了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析對繪制和重建發(fā)育和再生生物學(xué)基本過程的重要性,”研究人員寫道,并認(rèn)為這種方法將成為此領(lǐng)域不可缺少的工具。
地中海渦蟲是一種真渦蟲,成年后身體的任何部位都具有再生能力。美國的研究小組寫道:“由于真渦蟲組織的不斷更新,基本上所有細(xì)胞譜系的所有階段都存在于成蟲體內(nèi),從多能干細(xì)胞到分化的細(xì)胞?!?因此,分析整個(gè)生物體將提供一幅近乎完整的細(xì)胞類型圖像。
德國研究小組表示,他們驗(yàn)證了近期報(bào)道的幾種罕見細(xì)胞類型,并發(fā)現(xiàn)了更多細(xì)胞,而美國研究小組則認(rèn)為它在確定真渦蟲的細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄組上已基本達(dá)到飽和狀態(tài)。
對于細(xì)胞類型聚類分析,兩組都使用了一種名為Seurat的計(jì)算方法,這種方法利用RNA-seq數(shù)據(jù)來推導(dǎo)單個(gè)細(xì)胞之間的空間關(guān)系。他們在線發(fā)布了其數(shù)據(jù)和工具。美國研究小組還開發(fā)了一種工具來生成聚類表達(dá)數(shù)據(jù),而德國團(tuán)隊(duì)創(chuàng)建了一個(gè)訪問單細(xì)胞數(shù)據(jù)的交互式網(wǎng)站。
德國研究人員將他們的方法與基于轉(zhuǎn)基因或CRISPR基因擾動(dòng)的高通量譜系追蹤方法進(jìn)行了對比,并指出這種方法可以應(yīng)用在所有物種上,只要能夠分離和測序單細(xì)胞。他們補(bǔ)充說,該方法還可以識別新生干細(xì)胞及其分化軌跡,并發(fā)現(xiàn)其他物種中與分化有關(guān)的基因——這是未來研究的主題。
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