過(guò)去兩年有一項(xiàng)大熱的技術(shù)，大量研究人員通過(guò)這項(xiàng)技術(shù)解決重要科學(xué)問(wèn)題，發(fā)表了大量高水平學(xué)術(shù)文章，這項(xiàng)微流控技術(shù)便是單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)。
單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)，在這兩年得到了蓬勃發(fā)展。一些高通量的單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)開(kāi)始為大家所熟知。有10×genomics單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)、以及Fluidigm、WaferGen、Illumina/Bio-Rad等。
這些平臺(tái)在很大程度上降低了單細(xì)胞測(cè)序的成本，使得單個(gè)細(xì)胞的測(cè)序成本變得極低。雖然單個(gè)細(xì)胞的成本降低了，但一個(gè)樣本需要產(chǎn)生大量細(xì)胞的數(shù)據(jù)，所以單個(gè)樣本的成本并沒(méi)有很低。
大多數(shù)的研究者會(huì)因這幾十萬(wàn)甚至上百萬(wàn)的測(cè)序成本而對(duì)單細(xì)胞測(cè)序研究望而卻步。有些希望從事單細(xì)胞研究或者希望提供單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)的單位，也會(huì)因?yàn)闇y(cè)序平臺(tái)高昂的價(jià)格而猶豫不決。
在這種形式下，上海凈信潛心研發(fā)兩年多，重磅推出了單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。該平臺(tái)基于Drop-seq的微流控技術(shù)原理，能夠一次完成數(shù)千甚至上萬(wàn)細(xì)胞的單細(xì)胞測(cè)序。
大家所熟知的10×genomics單細(xì)胞胞測(cè)序平臺(tái)依托的技術(shù)手段稱之為inDrop-seq，論文在2015年發(fā)表與Cell雜志。該方法利用微液滴技術(shù)將帶有條形碼、索引分子、引物及其他的凝膠珠與單細(xì)胞混合。
每個(gè)液滴內(nèi)開(kāi)展逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，以產(chǎn)生測(cè)序所用的帶有條形碼的cDNA。
10×genomics單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)原理圖：
有意思的是，凈信使用的Drop-seq微流控技術(shù)與inDrop-seq微流控技術(shù)發(fā)表與同一期的Cell雜志上。Drop-seq也是利用微流控技術(shù)將細(xì)胞分開(kāi)，并與帶有特定條形碼的磁珠混合。磁珠上的Poly(dT)將細(xì)胞內(nèi)的信使RNA捕獲。收集磁珠凈信逆轉(zhuǎn)錄和擴(kuò)增，得到測(cè)序所用的帶有條形碼的cDNA。與inDrop-seq不同的是，Drop-seq的逆轉(zhuǎn)錄的過(guò)程是在液滴外進(jìn)行的，這樣逆轉(zhuǎn)錄的效率會(huì)更高。
凈信單細(xì)胞測(cè)序儀原理圖：
凈信的單細(xì)胞測(cè)序儀不管是從原理還是從測(cè)試結(jié)果看，都完全能媲美進(jìn)口儀器。它每個(gè)樣本能夠產(chǎn)生5000~10000個(gè)細(xì)胞，對(duì)上機(jī)樣本的要求不再那么嚴(yán)苛。為防止實(shí)驗(yàn)失敗造成的損失，機(jī)器還特別添加了能夠監(jiān)控實(shí)驗(yàn)過(guò)程的系統(tǒng)，一旦出現(xiàn)管道堵塞等情況，便可以及時(shí)止損。而關(guān)鍵的還是：該平臺(tái)不論是從機(jī)器的購(gòu)買成本，還是試劑耗材的成本都非常低。該平臺(tái)的問(wèn)世，再次將單細(xì)胞測(cè)序的價(jià)格拉低了一個(gè)臺(tái)階，使得更多的研究人員能夠去利用這一先進(jìn)的技術(shù)手段進(jìn)行研究工作。
凈信單細(xì)胞測(cè)序儀 樣機(jī)圖
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