2016年，10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng)，這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng)，由儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件組成，能全面對接Illumina測序儀。

　　木材形成影響木材的化學(xué)和物理性質(zhì)，因此影響其作為建筑材料或生物燃料，紙漿和紙的原料的效用。為了獲得基因組范圍內(nèi)對木材形成中轉(zhuǎn)錄組測序變化和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的見解，北京林業(yè)大學(xué)的研究人員使用高通量RNA測序來表征來自張力木(TW)，木材(OW)和成熟木質(zhì)部的成熟木質(zhì)部的cDNA文庫。普通木材(NW)，在工業(yè)樹種毛白楊(Populus tomentosa)中。

　　它們的測序產(chǎn)生140,978,316(TW)，128,972,228(OW)和117,672,362(NW)讀數(shù)，對應(yīng)于10,127(TW)，10,129(OW)和10,129(NW)獨特基因。其中，361個基因在TW和OW之間差異轉(zhuǎn)錄(log2FC≥1或≤-1，F(xiàn)DR <0.05)，OW和NW之間差異為2,658，TW和NW之間差異為2,417。這表明NW與樹枝中的木材明顯不同; GO術(shù)語分析還表明OW經(jīng)歷了更多的轉(zhuǎn)錄組測序重構(gòu)。差異表達的基因包括97個編碼轉(zhuǎn)錄因子(TF)，40個參與激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)，33個參與木質(zhì)素生物合成，21個參與類黃酮生物合成，43個參與細胞壁代謝，包括纖維素合成酶，蔗糖合成酶和COBRA。與TW或OW相比，超過一半差異表達的TF在NW中表現(xiàn)出低4倍以上的轉(zhuǎn)錄水平，表明不同木材類型的TF豐度差異顯著，并且可能在反應(yīng)木材的形成中起重要作用。此外，與TW相比，參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富，這與OW的較高木質(zhì)素含量一致。

　　基于不同基因的共表達模式，研究人員構(gòu)建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò)，包括TF。最后，他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著，可能在反應(yīng)木材的形成中起重要作用。此外，與TW相比，參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富，這與OW的較高木質(zhì)素含量一致?；诓煌虻墓脖磉_模式，研究人員構(gòu)建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò)，包括TF。最后，他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著，可能在反應(yīng)木材的形成中起重要作用。

　　此外，與TW相比，參與木質(zhì)素生物合成的大多數(shù)基因的轉(zhuǎn)錄物在OW中更豐富，這與OW的較高木質(zhì)素含量一致。基于不同基因的共表達模式，研究人員構(gòu)建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò)，包括TF。最后，他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。基于不同基因的共表達模式，研究人員構(gòu)建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組測序網(wǎng)絡(luò)，包括TF。最后，他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因?；诓煌虻墓脖磉_模式，研究人員構(gòu)建了兩個用于調(diào)節(jié)木質(zhì)素和纖維素生物合成的轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò)，包括TF。最后，他們使用逆轉(zhuǎn)錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因?！　?/p>

　　誠邀各大測序公司、精準(zhǔn)醫(yī)療及技術(shù)服務(wù)公司一起合作，為單細胞測序的發(fā)展貢獻力量。有合作意向請撥打：021-57790908，郵箱：zhujianming0374@163.com

　　轉(zhuǎn)摘請注明出處：謝謝配合