由于細胞類群是異質(zhì)的，即使是來源相同的單個細胞，也會由于一些原因彼此存在差異化，但細胞都是由遺傳物質(zhì)的載體，對于單個細胞間的基因組和轉(zhuǎn)錄組的差異化展現(xiàn)，單細胞測序就是觀測單個細胞間基因組和轉(zhuǎn)錄組差異化的強大技術(shù)手段之一。

　　單細胞懸液制備儀對生物細胞的測序中，可以選擇不同的讀長、單端或雙端測序；由于對樣本檢測目的不同，數(shù)據(jù)分析、策略和方法也不同。

　　單細胞測序通?？梢苑譃镈NA測序和RNA測序兩大類。DNA測序主要是通過用高通量測序觀察基因組DNA水平的各種變化，包括從染色體到Kb片段等的復制數(shù)量的擴大或缺失，以及點突變（SNP）、整合、重組等；RNA測序主要是通過觀察MRNA轉(zhuǎn)錄組水平的變化，包括各類基因表達產(chǎn)物的剪接狀況及其各種剪接體的相對比例和絕對數(shù)量等。

　　單細胞測序技術(shù)應用的流程大致包括；對單細胞的選取，可以在顯微鏡下手動操作單細胞的選擇，也可使用自動分選儀器來進行選擇；同時細胞裂解和DNA擴增，在細胞擴增之前，RNA測序應該有一個逆轉(zhuǎn)錄的過程；可以用各種方法來擴大生物細胞的建庫，擴增產(chǎn)物的建庫，建庫步驟也可與之前的DNA擴展步驟相結(jié)合操作。

　　兩種單細胞測序方法應用的主要區(qū)別在于；RNA測序在細胞裂解后，DNA擴增前增加了一個逆轉(zhuǎn)錄步驟，需先將mRNA轉(zhuǎn)化為cDNA，后續(xù)再進行擴增、建庫、測序等步驟。根據(jù)樣本不同的應用目的，最后的數(shù)據(jù)分析步驟也不同的。